Muzeu Historik i Shkodrës nisi të organizohet që në vitin 1947, fillimisht me emërtimin “Muzeu Popullor”, ndërsa mori formë të plotë në vitin 1949.
Në fillimet e tij ai u vendos në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shekullit XIX, pranë së cilës ndodhej edhe “Kulla e Sahatit”.
Muzeu u ngrit mbi bazën e koleksioneve të vjetra të kuvendeve të Jezuitëve dhe Françeskanëve, të themeluara që nga fundi i shekullit XIX, si dhe mbi koleksionet e familjeve të njohura shkodrane.
Në vitin 1996, muzeu u transferua në shtëpinë karakteristike shkodrane “Oso Kuka”, ku ndodhet edhe sot.
Ai përbëhet nga seksionet e etnografisë, arkeologjisë, artit pamor dhe bibliotekës dhe është pjesë e rrjetit të institucioneve kulturore në varësi të Bashkisë Shkodër
