Muzeu është organizuar në disa pavijone dhe hapësira tematike, ku përmes objekteve historike, dokumenteve, armëve, faksimileve dhe materialeve të tjera përcillet historia e Shqipërisë dhe rezistenca shqiptare në shekullin XV. Në koleksionet e muzeut përfshihen, ndër të tjera, objekte prej qeramike, bronzi, hekuri e bakri, ikona, shkrime, kambana e vitit 1462 dhe shpata origjinale të shekullit XV.
Kompleksi muzeor përfshin pavijone që trajtojnë periudha të ndryshme historike, nga Antikiteti dhe Mesjeta e Hershme, te Principatat Shqiptare, pushtimi osman dhe qëndresa shqiptare. Në të gjenden gjithashtu kancelaria e Skënderbeut, biblioteka, Salla e Princave dhe hapësira të tjera të ekspozimit.
Krahas Muzeut të Skënderbeut, brenda mureve të kalasë ndodhet edhe Muzeu Kombëtar Etnografik, i vendosur në një banesë tradicionale të familjes Toptani, të ndërtuar në vitin 1764. Muzeu pasqyron mënyrën e jetesës, zejet dhe traditat shqiptare, përmes objekteve të përdorimit të përditshëm dhe punimeve artizanale.
Vizita në kala plotësohet me Pazarin e Vjetër të Krujës, përgjatë rrugës me kalldrëm që të çon drejt kompleksit historik. Pazari është i njohur për dyqanet tradicionale dhe punimet artizanale, përfshirë punime në dru, bakër, argjend, tekstile dhe qilima.
Interesi për Krujën si destinacion i turizmit kulturor është i lidhur ngushtë me trashëgiminë e saj historike. Kalaja, muzeumet, Pazari i Vjetër dhe panorama që shtrihet mbi qytet dhe fushat përreth e bëjnë Krujën një nga pikat kryesore të itinerareve të turizmit kulturor në Shqipëri.
