“Organi më i lartë i Lidhjes së Prizrenit ishte Këshilli i Përgjithshëm, i cili kryente funksione legjislative. Ky organ krijoi një Komitet Kombëtar i cili mori atributet e një qeverie të përkohshme. Komiteti Kombëtar përbëhej nga tre komisione: Për çështjet e Jashtme u ngarkua Abdyl Frashëri, për çështjet e Brendshme u ngarkua Shaban Prizreni dhe për çështjet Financiare ishte Sulejman Vokshi.
Komiteti Kombëtar krijoi nënkomitete krahinore në tre vilajetet kryesore shqiptare që rrezikonin të copëtoheshin. Nënkomiteti i Lidhjes së Prizrenit për vilajetin e Janinës dhe funksionari i lartë i shtetit osman Abedin Pashë Dino, me veprime të shkathëta diplomatike penguan aneksimin nga Greqia të krahinës së Çamërisë. Nënkomiteti i Shkodrës organizoi trupa vullnetare shqiptare nën drejtimin e Ali Pashë Gucisë dhe Hodo beg Sokoli të cilat u shkaktuan humbje të rëndë forcave malazeze të drejtuara nga Mark Milani. Shqiptarët arritën të mbronin me gjak Plavën, Gucinë, Hotin dhe Grudën.
