I pari muze shqiptar i këtij lloji, u pagëzua me emrin e monarkut “Zogu I”-rë. Në mjediset e këtij muzeu Ismail Bej Vlora mblodhi qeverinë pas shpalljes së Pavarësisë.
Muzeu u ngrit dhe u pasurua me objekte arkeologjike të dala nga gërmimet e kryera në Apoloni prej misionit arkeologjik francez, të prirë nga arkeologu Leon Rey. Mandej, u pasurua me artefakte nga objekte arkeologjike të zbuluara në Vlorë dhe në rrethina.
Në katin e parë u vendosën të gjitha statujat dhe kolonat e gjetura në Apoloni. Ndërsa, në katin e sipërm qëndronin në stenda prej xhami enët e qeramikës, monedhat, terrakotat dhe figurinat e ndryshme.
Me nisjen e Luftës së Dytë Botërore, muzeu u bombardua nga ushtria italiane dhe më pas u grabit. Për shkatërrimin dhe grabitjen e Muzeut Arkeologjik të Vlorës, arkeologu Rey, botoi një notë proteste në numrin e gjashtë të revistës së tij “Albania”.
Një pjesë e koleksionit antik të Muzeut të Vlorës që u arrit të shpëtohet, gjendet sot në Muzeun Historik Kombëtar, Muzeun Arkeologjik të Tiranës, Muzeun Historik të Vlorës, si dhe në Muzeun e Parkut Arkeologjik të Apolonisë.
Drejtoria e Përgjithshme e Arkivave publikoi sot foto nga ceremonia e inaugurimit të muzeut me pjesëmarrjen e Xhafer Ypit, Ali Asllanit etj, pamje e godinës dhe planimetri të muzeut, si edhe portreti i Leon Rey-it.
