Flora e parkut karakterizohet nga pyje mesdhetare me dafinë, shkozë dhe dushqe, si dhe bimësi ligatinore. Fauna e tij është po aq e pasur dhe përfshin vidra, breshka të ujit, peshq lagunorë dhe shpendë ujorë e migratorë, përfshirë çafkat, rosat e egra dhe kormoranët.
Jaupaj e konsideroi Parkun Kombëtar të Butrintit si një pasuri të jashtëzakonshme të biodiversitetit dhe pjesë të Trashëgimisë Botërore, që dëshmon harmoninë mes natyrës dhe kulturës dhe nxit zhvillimin e turizmit të qëndrueshëm në Shqipëri.
Ministri nënvizoi gjithashtu rëndësinë e mbrojtjes dhe menaxhimit të qëndrueshëm të parkut, duke e shndërruar atë në një model për ruajtjen e ekosistemeve natyrore dhe për promovimin e vlerave kulturore të vendit.
