Kristo Frashëri ka një prodhimtari të pasur shkencore, që mbulon gati të gjitha periudhat e historisë së Shqipërisë, që nga Antikiteti e deri në kohën e sotme.
Ai ka botuar me dhjetëra artikuj studimorë, referate historike, vëllime dokumentare dhe monografi shkencore, që trajtojnë pa përjashtim ngjarje, personalitete dhe procese të historisë së Shqipërisë. Ndër to janë sprovat për të ndriçuar mjegullnajën shqiptare gjatë Mesjetës së hershme, rendin feudal mesjetar në viset shqiptare, formacionet shtetërore mesjetare, tiparet e regjimit feudal turk në Shqipëri, Rilindjen Kombëtare Shqiptare, Luftën çlirimtare të Vlorës, jetën dhe veprimtarinë e Abdyl Frashërit, Sami Frashërit etj. Pas vitit 1990 ai ka botuar një sërë punimesh shkencore, si: “Lidhja e Prizrenit 1878-1881” (Tiranë, 1997); “Gjergj Kastrioti Skënderbeu. Jeta dhe vepra” (Tiranë, 2002); “Historia e Tiranës” (Tiranë, 2004); “Historia e lëvizjes së majtë në Shqipëri” (Tiranë, 2006); “Skënderbeu në burimet dokumentare shqiptare në shek. XV” (Tiranë, 2005); “Identiteti kombëtar i shqiptarëve” (Tiranë, 2006); “Historiografia shqiptare në tranzicion” (Tiranë, 2006); “Shpallja e pavarësisë së Shqipërisë, 28 nëntor 1912” (Tiranë, 2008); “Historia e qytetërimit shqiptar” (Tiranë, 2008).
Kristo Frashëri si pedagog i historisë së Shqipërisë në Universitetin e Tiranës dhe si punonjës shkencor ka një kontribut të veçantë në përgatitjen e historianëve të rinj. Akademiku Kristo Frashëri u nda nga jeta më 31 janar 2016
