Në përputhje me kontekstin e kohës, u pagëzua me emrin e monarkut “Zogu I”. Ndërtesa ku u vendos muzeu, është e rrënjosur përjetësisht në kujtesën kombëtare, pasi Ismail Bej Vlora pikërisht aty mblodhi qeverinë pas shpalljes së Pavarësisë.
Muzeu u ngrit dhe u pasurua me objekte arkeologjike të dala nga gërmimet e kryera në Apoloni prej misionit arkeologjik francez, të prirë nga arkeologu Leon Rey. Mandej muzeu u pasurua me artefakte nga objekte arkeologjike të zbuluara në Vlorë dhe në rrethina si enë qeramike, objekte xhami, monedha, terrakota e figurina të ndryshme . Në katin e parë të muzeut u vendosën të gjitha statujat dhe kolonat e gjetura në Apoloni.
Me nisjen e Luftës së Dytë Botërore, muzeu u bombardua nga ushtria italiane dhe më pas u grabit. Për shkatërrimin dhe grabitjen e Muzeut Arkeologjik të Vlorës, arkeologu Rey, botoi një notë proteste në numrin e gjashtë të revistës së tij “Albania”.
Një pjesë e koleksionit antik të Muzeut të Vlorës që u arrit të shpëtohet, gjendet sot në Muzeun Historik Kombëtar, Muzeun Arkeologjik të Tiranës, Muzeun Historik të Vlorës, si dhe në Muzeun e Parkut Arkeologjik të Apolonisë.
